Die pflanzliche Herkunft wild wachsender Naturdrogen bedeutet nicht, dass es sich hierbei um harmlose Substanzen handelt. Da bei ihnen die Wirkstoffkonzentration sehr unterschiedlich ausfällt, ist die Wirkung oft schwer oder gar nicht zu kontrollieren, u.a. hängt diese vom Standort der Pflanzen und den jeweiligen Bodenbedingungen ab. Der Konsum von Naturdrogen ist daher mit großen gesundheitlichen Risiken verbunden. Viele Naturdrogen enthalten hochwirksame Gifte, die bereits in geringen Mengen tödlich wirken können. Sie beeinflussen vor allem die Psyche aufgrund ihrer meist halluzinogenen Wirkung.

Die Wirkung von Naturdrogen ist bei jedem Menschen unterschiedlich. Sie ist u.a. abhängig vom Gewicht und der körperlichen Verfassung der einzelnen Person. Bei Naturdrogen konsumierenden Menschen kann es zu einer akuten Psychose oder anderen psychischen Erkrankungen kommen.  Wechselwirkungen mit anderen psychotropen Substanzen können dieses Risiko erhöhen.  
Die gesundheitlichen Auswirkungen und Langzeitfolgen des Konsums von Naturdrogen sind bislang weitgehend unerforscht.

Naturdrogen haben als Rauschmittel heute nur eine geringe Bedeutung. Das liegt unter anderem daran, dass immer mehr der in den Pflanzen enthaltenen psychoaktiven Stoffe isoliert oder synthetisch hergestellt werden können. Trotzdem bieten Internethändler Naturdrogen an. Hier ist besondere Vorsicht geboten, denn die Inhaltstoffe und Wirkungen dieser "Naturprodukte" unterliegen  - wie alle Schwarzmarktprodukte - keiner Kontrolle.