Die Wirkung setzt nach 20 bis 60 Minuten ein und lässt erst nach etwa drei Stunden wieder nach, hält aber bis zu sechs Stunden an. Es beginnt mit leichter Schläfrigkeit und einem inneren Wärmegefühl. Außerdem sinkt der Blutdruck und die Pupillen weiten sich. Danach folgt eine Phase der Antriebssteigerung samt verändertem Raum-Zeitgefühl, veränderter Selbstwahrnehmung, erhöhtem Reizempfinden und optischen Halluzinationen. Aphrodisierende Wirkungen sind ebenfalls möglich. Im Gegensatz zu LSD, die als "kalte, gnadenlose Droge" beschrieben wird, wird Psilocybin als "relativ sanfte" Droge  empfunden.
Kurzzeitig können Übelkeit, Atembeschwerden, Herzrasen, Veränderungen von Puls und Blutdruck, Schweißausbrüche und Gleichgewichts- und Orientierungsstörungen auftreten. Eine besondere Gefahr stellen unkontrollierbare Angst- und Wahnvorstellungen (Horrortrips) dar, die zu riskanten Kurzschlusshandlungen führen können.

Studien belegen, dass Psilocybin zwar zu keinen ernsthaften körperlichen Komplikationen führt, die psychischen Auswirkungen können aber gravierend sein und bereits bei einmaligem Konsum kann es zu bereits latent (verborgene) vorhandenen psychischen Störungen kommen. Beschrieben wurden auch tödliche Unfälle durch riskantes Verhaltens.

Langfristiger, dauerhafter Konsum kann zur psychischen Abhängigkeit führen. Es tritt rasch eine Gewöhnung mit dem Verlangen nach immer höheren Dosen der Droge ein.